Genomics Core Facility
Menzinger Str. 67
80638 München
E-Mail: GCF@snsb.de
Tel.: 049 89 17861 206
Leitung
Dr. Agnes Scheunert
Hintergrund
Die Genomics Core Facility ist die SNSB-interne Anlaufstelle für alle Anliegen und Fragen zum Thema Genomik und verwandter Anwendungen. Diese zentrale Einrichtung unterstützt SNSB Forschende bei allen Aspekten ihrer Forschung. Die GCF befindet sich im Gebäude der Botanischen Staatssammlung in Obermenzing, unmittelbar beim Botanischen Garten München-Nymphenburg.
Die Genomik ermöglicht die wissenschaftliche Bearbeitung von Material naturhistorischer Sammlungen in bisher ungeahntem Ausmaß. Forschungsdaten mit historischem Bezug sind von großer Bedeutung z.B. zur Erforschung der Biodiversität, der Auswirkungen des Klimawandels oder der komplexen Entwicklungen im Rahmen der zunehmenden Urbanisierung. Die Genomics Core Facility ermöglicht und unterstützt seit 2021 die Untersuchung der organismischen Sammlungen der SNSB auf genomischer Ebene. Sie erweitert das Spektrum möglicher Forschung an den Objekten und macht deren umfangreiche Vielfalt nutzbar.
Aufgaben
Die GCF bietet modernste Infrastruktur, Expertise und Services für eine große Palette genomischer Anwendungen. Sie bündelt und vernetzt das vorhandene Know-How der einzelnen Abteilungen sowie und verfolgt die Entwicklung neuer genomischer Methoden in der naturwissenschaftlichen Forschung. Die Einheit fungiert für die SNSB-Forschenden als Projektpartner in allen Phasen wissenschaftlicher Projekte, von der Antragstelllung über die Laborarbeiten und die bioinformatische Auswertung der Ergebnisse bis zu deren Publikation.
Leistungen
Die Genomics Core Facility ist mit modernsten Geräten für die genomische Analyse ausgestattet, unter anderem drei Oxford Nanopore Sequenzierer und eine solide Infrastruktur an Laborgeräten für die Extraktion, Aufbereitung und Analyse von DNA und RNA. Alle Geräte stehen den SNSB-Forschenden zur Verfügung. Das GCF Team bietet maßgeschneiderte Workflows für die DNA-Extraktion aus schwierigem oder historischem Material oder für die Extraktion hochmolekularer DNA für long-read Technologien. Das Portfolio beinhaltet die Vorbereitung von Sequenzierbibliotheken für verschiedene Anwendungen, z.B. Shotgun-Sequenzierung, die Anreicherung genomischer Markersets (target capture), Amplikon-Sequenzierung z.B. für Artidentifikation, oder ddRAD-Sequenzierung. Die Erstellung von Referenzgenomen von Pflanzen und Tieren, unter Verwendung von short-read und/oder long-read Technologien ist ebenfalls von großer Bedeutung. Illumina-Sequenzierungen erfolgen extern in enger Zusammenarbeit mit den führenden NGS-Anbietern in Deutschland. Im Bereich Bioinformatik helfen und beraten die Expertinnen und Experten der GCF bei allen Fragen rund um die Analyse von DNA-Daten. Standardisierte Analyseworkflows sind als Nextflow Pipelines für alle SNSB-Forschenden verfügbar, ebenso wie individuell angepasste Skripte für verschiedene Anwendungen. Darüber hinaus unterstützt die GCF bei der Einarbeitung in neue Labor- und Analysetechniken – dies umfasst auch die Betreuung studentischer Abschlussarbeiten. Das GCF Team erweitert sein Portfolio laufend und ist immer interessiert an der Implementierung neuer Techniken.